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ISO14001现场审核在完成对申请方的文件审查和预审基础上，审核组长要制定一个审核计划，告知申请方并征求申请方的意见，申请方接到审核计划之后，如果对审核计划的某些条款或安排有不同意见，立通知审核组长或认证，并在现场审核前解决好这些问题。解决好这些问题之后，审核组正式实施现场审核，主要目的就是通过对申请方进行现场实地考察，验证EMS手册、程序文件和作业指导书等一系列文件的实际执行情况，从而来评价该环境管理体系运行，判别申请方建立的环境管理体系和ISO14001标准是否相符合。

在实施现场审核过程中，审核小组每天都要进行内部讨论，由审核组长主持，全体审核员参加，对本次审核的结构进行全的评定，确定现场审核中发现的哪些不符合情况需写成不符合项报告及其严重程度。